Un agente governativo rapito e mandato su un'isola lontana chiamata 'il Villaggio' si sveglia nel bel mezzo del deserto, ma non ricorda nulla di quello che è accaduto.

Numero 6 cerca di trovare degli alleati per scappare dal Villaggio, ma 2 cerca di dissuaderlo dalle sue intenzioni e per questo gli presenta la famiglia del fratello.

Sei decide di dare una mano a Due per spiare gli abitanti del Villaggio. Intanto i segreti di 11-12 vengono svelati. 313 inizia a temere il proprio dono.

Sei incontra una donna, che probabilmente sembra avere un qualche legame con il suo passato. Intanto il Villaggio è colpito da un disastro naturale.

Due include gli istinti animali di Sei in un doppione identico chiamato 'Due volte Sei'. Sei deve ora trovare un modo per riconciliarsi con i suoi desideri per non essere manipolato.

Le continue ribellioni di Sei non sono più tollerate. Gli eventi del Villaggio e di New York iniziano ad andare in parallelo e poco alla volta la verità viene fuori.